Pese al escaso período de existencia del primigenio Club Deportivo TACON, embrión de la sección femenina, pronto encontró a un cercano rival deportivo en Madrid enfrentando a su clásico, camisetas de fútbol el Madrid Club de Fútbol. Todo muy dispar. Una de las pocas alegrías fue la victoria 2-1 en casa contra el Real Madrid en la 11.ª jornada con goles de Penev y Robert, replicas camisetas futbol vengando así la humillación sufrida en el torneo veraniego. El pesimismo planeaba entre la afición, pero la victoria llegó finalmente en la cuarta jornada y se encadenaron 15 jornadas consecutivas sin perder, y en toda la segunda vuelta solo se perdieron 2 partidos, lo que llevó al equipo a moverse entre el 2.º y el 4.º puesto, pero finalmente fue 2º logrando así un subcampeonato tras un Real Madrid intratable. La vuelta en el Luis Casanova fue vibrante, sobre todo al adelantarse en el marcador con gol de Giner, un gol que daba el pase a la final al equipo valencianista, pero a falta de diez minutos para terminar el encuentro el holandés Koeman anotaba un gol de falta directa, su especialidad, y dejaba el partido 1-1 y la eliminatoria para los barcelonistas, que disputaron y perdieron la final en el Luis Casanova frente al Real Madrid.

El regreso a Europa no fue fácil, ya que en la segunda eliminatoria de la Copa de la UEFA (tras haber superado sin problemas al Victoria de Bucarest en la primera) el Valencia sufrió polémicos arbitrajes tanto en la ida como en la vuelta, con gol totalmente legal anulado en la ida. Pese a ello, consiguió resarcirse de la decepción apenas dos meses después al conquistar su novena Copa de Europa poniendo, esta vez sí, un broche de oro al año del centenario. En este, aprobado para la temporada 1997-98 en la que por primera vez se vio un formato más cercano al actual, se aumentó el número de equipos participantes como medida más notoria. Finalmente el equipo quedó en un insuficiente 7º puesto, fuera de las posiciones europeas, y, como anécdota, en la última jornada el Valencia se convirtió en protagonista al empatar 0-0 en Riazor ante un Deportivo de La Coruña que podía proclamarse por primera vez en su historia campeón de Liga, pero un penalti detenido por González a Djukic hizo que el título fuese para el Barcelona. La campaña fue tremendamente irregular, llegando a ser 18.º en la 10.ª jornada y 4.º en la 26.ª jornada.

La campaña no empezó nada bien para el equipo de Espárrago al perder en casa 1-3 frente al Atlético de Madrid y dos jornadas después caer goleado 6-2 en el Bernabéu. El 19 de mayo el Sevilla se proclamó de nuevo campeón de la Copa del Rey, disputada en el Camp Nou de Barcelona contra el Atlético de Madrid. Divididas por categoría, ha vencido un total de 14 títulos de campeón local de la máxima categoría juvenil -actualmente División de Honor-, 19 títulos de campeón absoluto de España, título denominado en la actualidad como Copa de Campeones, siendo el equipo más laureado, y completado con 15 Copas de España para un total de más de 53 títulos de primera categoría, más que ningún otro club juvenil. Todo el equipo dirigido por el técnico que acababa de proclamarse campeón del Mundial 1994 con Brasil, Carlos Alberto Parreira. En diciembre, y sin levantar cabeza el equipo, el técnico fue destituido tras una dolorosa derrota 0-4 contra el Barcelona, y ocupó su lugar el uruguayo Héctor Núñez con Mario Alberto Kempes como ayudante.

El verano de 1994 fue de numerosos e ilusionantes fichajes como el del delantero Oleg Salenko, estrella del CD Logroñés y de la selección rusa en el Mundial 1994, del que fue máximo goleador empatado con Stoitchkov con seis goles, de los cuales cinco los anotó en un mismo partido. Ya en la última jornada, el 14 de junio el equipo jugaba en Las Gaunas y presenciaba el histórico primer ascenso del CD Logroñés a Primera División al caer 1-0 frente a los riojanos, ascensiendo así ambos clubes (junto al Celta) y quedando hermanadas las aficiones valencianista y riojana. El superávit de la temporada pasada (más de 120 millones de pesetas) y el plan de saneamiento de clubes redujeron la deuda que tenía el club considerablemente. Terminó la temporada 1993/94 convenciendo al técnico Guus Hiddink para que entrenara al equipo las últimas nueve jornadas, pero fue insuficiente para meter al equipo en puestos europeos.