La selección hondureña sólo ha disputado una edición de la Copa América, en la que participó en condición de selección invitada. En cuanto a las reservas, Motagua también cuenta con una sede para los juveniles. En cuanto a partidos clásicos, Motagua derrotó a Marathón 1-0, el 30 de enero. Motagua disputaría la Supercopa al ser el bicampeón de la temporada 2016-2017 y se enfrentaría al Marathón que había sido campeón de Copa, el «ciclón azul» abriría el marcador con gol de Erick Andino al 66′, lo que sería el 1-0, después anotaría Félix Crisanto al 76′ y pondría el resultado 2-0, por el equipo Verdolaga anotaría Júnior Lacayo al 83 sellando el resultado 2-1 a favor de Motagua que logró el título de supercopa de Honduras. Actualizado hasta el 7 de mayo de 2023, Marathón 0:0 Motagua, y hasta el 4 de marzo de 2023, Real España 0:3 Motagua. El evento más importante llevado a cabo en este escenario, fue la celebración de la eliminatoria Hexagonal de la Concacaf valedera por la Copa Mundial de España 1982. En esa importante justa premundialista; las selecciones de fútbol de Honduras y El Salvador se clasificaron a ese máximo evento mundialista. El máximo goleador en la historia de Motagua es Rubilio Castillo -con 99 goles- quien ha tenido, hasta el momento, tres pasos por el club.

Las águilas azulesse medirían ante Olimpia, siendo la octava vez en que ambos equipos disputan la gran final, el primer partido Motagua daría el golpe ganando 2-0 con goles de Rubilio Castillo al 64′ y del paraguayo Roberto Moreira al 71′, el equipo merengue se excusaría alegando la dudosa expulsión de Jonathan Paz y acusando al árbitro Héctor Rodríguez de haber favorecido a su rival, curiosamente el Motagua exigió a la liga de para qué dicho árbitro no estuviera en la final, sin embargo, estas peticiones fueron denegadas, pero después del partido de vuelta el Olimpia también interpuso una petición a las autoridades de la Liga Nacional para que cambiarán a Héctor Rodríguez para el partido de vuelta, y estas quejas si fueron escuchadas al poner a Melvin Matamoros. El primer gol de Motagua llegó tras un potentísimo disparo del guatemalteco Guillermo Ramírez, el cual Noel Valladares no pudo contener y soltó la pelota en el área, y Jerry Bengtson la mandó al fondo de la red. El jugador motagüense Héctor Zelaya convirtió el primer gol hondureño en una Copa del Mundo, durante la edición de España 1982. En aquella justa mundialista, la selección hondureña se nutrió con cuatro jugadores motagüenses: Ramón Maradiaga, David Bueso, camiseta de futbol 2024 Héctor Zelaya y José Luis Cruz.

Después de acabar segundo en las vueltas regulares en el Clausura 2017, Motagua clasificaría a la semifinal de manera directa donde enfrentó al Real España donde el «ciclón» le ganaría 1-2 en la ida y empataría 2-2 en la vuelta para un global de 4-3. Mientras tanto, el Honduras Progreso eliminó al Olimpia de la final, gracias a esto el equipo progreseño se sintió confiado por eliminar a un grande, en la ida jugada en El Progreso, el jugador Franklyn Morales abriría el marcador al minuto 24 para los locales, sin embargo, camiseta futbol valencia Marco Tulio Vega aprovechó un descuido del portero para anotar en el minuto 31 así empatar el partido. En el primer partido como local, el Motagua ganaría 2 goles a 0, con goles del argentino Matías Galvaliz y Kevin López tomando tranquilidad el club para afrontar el partido de vuelta con una favorable ventaja. La rivalidad es también muy marcada en las graderías donde las dos barras bravas, la Ultra fiel del Olimpia y Los Revolucionarios del Motagua dejan un espectáculo a la vista aunque también en sus enfrentamientos en las calles, barrios y en el estadio ha dejado saldo de heridos y muertos. En las semifinales, a Motagua le tocó enfrentar al Club Deportivo Vida, perdiendo el primer partido por 1-0 en el Estadio Ceibeño.

Luego se llevó a cabo un partido de fútbol; dentro del marco de un torneo cuadrangular que incluía a las selecciones nacionales de Honduras, Guatemala, Costa Rica y Panamá. Olimpia es el equipo más laureado del país, utiliza un uniforme blanco, con reflejos azules y rojos. Uniforme alternativo: Camiseta blanca con dos líneas verticales al costado izquierdo en verde y rojo, pantalón blanco con detalles rojos, medias blancas. En los noventa, exactamente durante la Copa Libertadores 1995, pareció repetirse la historia, pues Nacional volvió a eliminar a Millonarios en cuartos de final, camiseta del valencia cf pero esta vez el equipo Verde quedó subcampeón del torneo. El jugador se había criado en San Sebastián y se había iniciado en el mundo del fútbol en la capital donostiarra. En los minutos finales del partido, al 90 en una buena carrera Bengtson puso un centro el cual desafortunadamente anotaría un autogol el jugador que había puesto a ganar al Motagua, Pereira, terminando el partido 2 a 2 con una mala sensación para el Motagua luego de haber hecho una gran actuación para tener el título más cerca. El club organizó el acto de sepelio y además un partido en Mestalla que tuvo una afluencia espectacular a beneficio de la esposa y los hijos del jugador.