Tras conseguir el ascenso a Segunda B en 2013, y con motivo también del centenario, el Algeciras juega un partido amistoso contra el Málaga Club de Fútbol, cuartofinalista de la UEFA Champions League y representante del fútbol andaluz en Europa en la anterior temporada. El Algeciras CF ha jugado como local en tres estadios de titularidad municipal a lo largo de su historia. Técnicamente, fue la mejor etapa de toda la historia del canal aún llamado platense. Real Jaén y a la UD Socuéllamos y consiguiendo el ascenso a Segunda división B por séptima vez en su historia. Tras esto se suceden varios años en los que el club milita entre la Tercera división y la Segunda división B hasta la temporada 2002-2003. Ese año el club se proclama campeón del grupo IV de Segunda División B y disputa la ligilla de ascenso frente a Bilbao Athletic, Burgos C.F. Los mejores años del Alhaurín de la Torre van desde la década de los 2000 hasta la actualidad, donde se proclamó por tres veces campeón de la Primera división de Andalucía, debutando en Tercera División en la temporada 2005/06 jugando con equipos como el Granada CF y llegando a disputar la promoción de ascenso a Segunda División B en la temporada 2010/11, siendo eliminado en la última eliminatoria de ascenso por el Sporting Villanueva Promesas.

Ya instalada en la Segunda Fase, Chile comienza empatando con Colombia por 1 a 1; en su segundo partido, también termina empatando con Argentina por 0 a 0 y en el tercer y último partido termina perdiendo con Brasil por 3 a 1. Con este resultado, «La Roja Femenina» termina tercera en la tabla sin opciones de clasificar al mundial del 2011 y a los Juegos Olímpicos del 2012; sin embargo, termina una de sus mejores actuaciones de este torneo después de 15 años asegurando, desde el final de la Primera Fase, su participación a los Juegos Panamericanos de Guadalajara del 2011. Su máxima artillera fue Francisca Lara con 3 goles. ↑ Armero, Andrés (2011). «El Mirandés encaja su primer gol, pero vence en Burgos» (23 de octubre edición). ↑ Úbeda C.F. (desaparición): El Úbeda C.F. Albacete Balompié Gimnástica Segoviana C.F. Algeciras C.F. marcó dos goles en los primeros minutos acabó encajando cuatro goles en el estadio Santiago Bernabéu, donde se jugaría la final de ese año.

En el año 2012 se hizo oficial que, con motivo del centenario, el Algeciras jugaría un partido contra el Sevilla F. C. , y una firma de autógrafos. No obstante, existen muchas probabilidades de que fuese introducido por unos estudiantes residentes en Sevilla que lo practicaban de regreso a su localidad natal. Ese mismo año debuta en el club el jugador Juan López Hita que cuatro años más tarde recalará en el Sevilla F. C. y llegará a disputar varios partidos con la Selección española de fútbol. Unos años antes, en 1999, camisetas de fútbol baratas se había inaugurado el Estadio Nuevo Mirador con un partido entre el equipo local y el Real Betis ganando este el encuentro por un gol a cero. El Nuevo Mirador, el utilizado en la actualidad, fue inaugurado en 1999 con un encuentro entre el Real Betis Balompié y el mismo Algeciras CF. Durante esa temporada el equipo compitió contra el Real Madrid Club de Fútbol en la segunda ronda de la Copa del Rey, un encuentro muy celebrado en la ciudad. Permanecerá en esta categoría durante cuatro años hasta que en la temporada 1966-67 desciende a Tercera División y tres años después de nuevo a Regional.

El equipo no pudo mantener la categoría tras la temporada 2015-2016 acabando en decimoctava posición y descendiendo directamente a Tercera división. El formato consistía en series a visita recíproca entre aquellos equipos involucrados con las condicionantes mencionadas, es decir, el sublíder de grupo se enfrentaría a aquel club que lo hubiera superado en puntos en otro grupo, y no fuera el sublíder de este; todo ello respetando la posición en la tabla general para la definición del rol de juegos, y considerando los mismos criterios de desempate vigentes de las rondas subsecuentes. ↑ «39 AÑOS DE LA VISITA DEL REAL MADRID EN COPA DEL REY». ↑ «CONVOCATORIA SELECCIÓN COLOMBIA FEMENINA DE MAYORES PARA JUEGOS ANTE ESTADOS UNIDOS». El 4 de noviembre de 2007, en un partido ante el Girondins de Burdeos, el club celebró su 40 aniversario de existencia con un evento especial, que involucraron a muchos de los exjugadores del club, directivos del club, presidentes y entrenadores. Se conoce la existencia a principios de junio de 1909 de un club denominado Algeciras Foot-ball Club en la localidad por una noticia publicada el día 7 de ese mes en el Heraldo de Madrid donde se hace referencia a su fundación y a la celebración de un partido con un equipo de Gibraltar y otro con un equipo local, el Prim.