Bayern llegó a la final como una completa sorpresa tras dejar en el camino a clubes como el Tatran Prešov de Checoslovaquia, Shamrock Rovers de Irlanda, Rapid de Viena de Austria, y Standard de Lieja de Bélgica. En la final contra Nigeria, recibió una falta en el área que Messi convirtió en gol, camisetas del chelsea permitiendo la victoria y el título. Copa de Europa» por marcar en los partidos importantes, abrió el marcador en la prórroga a los 108′, dándole el primer título internacional al Bayern. Desde la aparición de la Copa de Ferias, el Bayern jugó por primera vez una competencia internacional organizada por la UEFA, la Copa de Europa de Campeones de Copa. Fue la única vez en la historia de la Bundesliga que ambos clubes de Múnich finalizaban la liga ocupando los primeros tres puestos de la tabla. Aquel equipo tricampeón de Europa fue junto al Feyenoord la base de la selección neerlandesa denominada La Naranja Mecánica que alcanzó dos subcampeonatos mundiales consecutivos en los Campeonatos Mundiales FIFA de 1974 y 1978 y un tercer puesto en la Eurocopa de 1976, siendo tres equipos que revolucionaron el fútbol mundial con la introducción y aplicación del Fútbol total.

En la temporada siguiente, el equipo se mantuvo casi sin cambios. El equipo, sin embargo, tuvo una mala temporada y terminó 16.ª posición en la Premier League. «Barclays Premier League Asistencias». Hizo su debut por Boca Juniors en la victoria 4 a 1 sobre Gimnasia y Esgrima de Jujuy y fue parte fundamental de la obtención del Campeonato de Apertura 2005 marcando un gol en el último partido ante Olimpo de Bahía Blanca, además de la Recopa Sudamericana 2005 y la Copa Sudamericana. En el resurgimiento, el Bayern no quería tomar parte en la copa originalmente. El partido de promoción fue ante el Tennis Borussia Berlín, donde el Bayern conseguiría una contundente victoria por 8:0 en la ciudad de Berlín, además del ascenso. El 6 de junio de 1964, en el primer partido de la ronda de promoción ante el San Pauli, el Bayern salió airoso ganando 4:0. Fue el primer partido oficial de Franz Beckenbauer, quien para el momento contaba con 18 años de edad, y además su primer partido con el Bayern logró su primer gol. Apenas 23 años y directo a la historia de los malvados del mítico estadio. Después de vencer en la semifinal al Saarbrücken con marcador de 3:1, la final sería ante 42 000 espectadores en el estadio Augsburger Rosenaustadion, donde Rudolf Jobst marcó el definitivo 1:0 contra el Fortuna Düsseldorf.

A mediados de la década de 1990, el estadio se renovó aún más cuando dos de sus graderías fueron reemplazadas por nuevas tribunas con asientos individuales como resultado del informe Taylor, lo que redujo su capacidad. Este partido también contó con el debut de Gökhan Inler que entró en el minuto 80 en reemplazo de Danny Drinkwater. En su primera temporada de la Bundesliga el Bayern disputó el derbi ante el 1860 Múnich perdiendo con marcador de 0:1. Posteriormente en el partido de vuelta, el Bayern logró ganar 3:0, dándole el tercer lugar en la tabla. El hasta entonces 15 veces internacional tuvo que ver el partido desde la grada. El contrato de Helmut Schneider en realidad fue extendido, pero luego tuvo que abandonar el club. A comienzos de 1964, tanto el Bayern y el 1860 Múnich trataron de utilizar los servicios del delantero Gerd Müller desde el club de aficionados de TSV 1861 Nördlingen. El Bayern jugó la final contra el Rangers de Escocia. En la temporada 1996-97 repitió entre los cuatro primeros y llegó a la final de la Copa del Rey, en la que cayó ante el FC Barcelona en la prórroga. La situación dio un giro en verano de 2002 con la llegada a la presidencia de Dumitru Bucşaru, empresario local que presentó un ambicioso proyecto de profesionalización.

Čajkovski no estaba muy impresionado por el compromiso de Müller, por lo que cariñosamente lo llamó «gordito Müller». Tiene un rancho de ganado de 300 acres, y es probable que lo veas en la ciudad si alguna vez lo visitas. Después de conseguir el sorprendente éxito y el primer título importante desde 1932, aparecieron los problemas otra vez. La final sería en el Frankenstadion, de la ciudad de Núremberg, lugar donde 35 años antes el Bayern había conseguido ganar el primer título importante para el club. La intención era simplemente para ahorrar gastos de viaje, pero el nuevo entrenador Willibald Hahn instó en que era necesario participar y ser capaz de imponerse en la final. Redknapp era el técnico más exitoso del club en la última década. En la temporada 1962-63 el club participó por primera vez en un torneo internacional de prestigio; la Copa de Ferias. Sí consiguió buenos resultados en la Copa, donde accedió a su 38.ª final del torneo tras eliminar al F. C. Barcelona en cuartos de final y al Granada C. F. en semifinales. Esa misma temporada consiguieron ganar la final de la Copa de Alemania derrotando al Meidericher 4:2. Esto lo clasificó para la Recopa de Europa del año siguiente.