Una vez más, el verde llegó a los cuadrangulares semifinales, pero se quedó en el camino hacia el título, después de que perdiera dos partidos claves frente al Deportes Tolima, camiseta entrenamiento liverpool 1-0 en Ibagué y 1-2 en Medellín. Nacional clasificó al cuadrangular final del Torneo Apertura, donde se enfrentó al Deportivo Cali, al Boyacá Chicó y a Independiente Santa Fe, obteniendo el primer lugar y del derecho a disputar la final frente al Atlético Huila. Nacional clasificó a la Copa Sudamericana luego de ganar la Copa Colombia en 2013, dejó atrás a Deportivo La Guaira de Venezuela, Club General Díaz del Paraguay, a E. C. Vitória de Brasil en los octavos, a la Universidad César Vallejo del Perú en cuartos y a São Paulo F. C. de Brasil en semifinales, para llegar a la final y enfrentarse a River Plate de la Argentina. En la fase de grupos ocupó el grupo B, donde terminó primero, en octavos de final eliminó a Deportivo Pasto 4-0 en el global, en cuartos superó al Deportes Quindío 2-0 en el global, en la semifinal derrotó a Alianza Petrolera 3-0 en el global, para así llegar a su segunda final consecutiva en esta competición contra Millonarios F. C. de Bogotá.

En los octavos de final tuvo que enfrentarse con el peor segundo del torneo, que resultó ser C. A. Huracán. El título del torneo finalización de 2015, le dio a Atlético Nacional el pase a la Copa Libertadores 2016. El club ocupó el grupo 4 con C. A. Peñarol, Sporting Cristal y C. A. Huracán. El partido terminó en contra 2-1, para Nacional descontó Macnelly Torres. El 2 de julio Torres retornó de sus vacaciones a la capital, donde cerró las operaciones con la entidad británica en un contrato que lo vinculó al equipo inglés durante seis años. Podrás elegir otro método de entrega durante el checkout. Durante su carrera promedió 6,3 puntos, 2,9 asistencias, 1,6 rebotes, 1 robo, 1,1 pérdidas de balón y 2 faltas en 18,6 minutos a lo largo de 50 partidos. Año Nuevo de 2005 y el tolosarra se quedó fuera del equipo durante tres meses.

La temporada 2015/16, el equipo es dirigido por Ángel Viadero, que hace las veces tanto de entrenador como de director deportivo. Para el 2009, en el torneo apertura, se concretaba como nuevo DT Luis Fernando Suárez, el regreso de Aldo Leao Ramírez (después de jugar en México por un año), y jugadores como el brasilero Dermival Almeida Lima más conocido como «Baiano», y Andrés Orozco. En el Torneo Finalización 2010, camiseta liverpool blanca Nacional inició un nuevo proceso con José Fernando Santa y con la promesa de darle la oportunidad a las divisiones menores. El partido de ida terminó a favor de Nacional 2-1 y en el partido de vuelta cayó 2-0 quedando subcampeón por segunda vez consecutiva al perder 3-2 en el global. La ida fue el 12 de junio de 1963 en el estadio Maksimir y terminó con un disputado 1-2 para los valencianistas con goles de Waldo y Urtiaga que remontaron el gol inicial yugoslavo. El 11 de diciembre se jugó en el Estadio Pascual Guerrero el partido de ida, terminando 0-0, dejando la llave abierta igual que la final contra Independiente Santa Fe, a diferencia que el partido de vuelta sería en casa. La última llave la disputó con el Deportivo Cali, el partido de ida, en el «Palmaseca» terminó en contra 2-0; en Medellín el club lo dio vuelta 5-1 con goles de Macnelly Torres, Mateus Uribe, Andrés Ibargüen, Rodin Quiñónes y Dayro Moreno de penalti.

El 10 de mayo se disputó el juego de vuelta en Medellín; el partido terminó a favor 4-1 con goles de Dayro Moreno y Andrés Ibargüen, ambos, de a doblete. La Superliga de Colombia 2012 fue la primera edición del torneo oficial de fútbol colombiano, que enfrentó el cuadro antioqueño como campeón del Torneo apertura 2011, y el campeón del Torneo finalización 2011, Junior de Barranquilla, el equipo Verdolaga en el primer juego logró ganar como visitante 3-1 con 2 goles de Jefferson Duque y un autogol de Andrés Felipe González. En el apertura 2014, Atlético Nacional logró ser el primer equipo colombiano en obtener el tricampeonato en torneos cortos, con una excelente actuación, nuevamente terminó primero en la fase todos contra todos con 34 puntos. Al final de la fase de todos contra todos, Nacional terminó primero y enfrentó a Jaguares en los octavos de final, al cual derrotó 6-3 en el global.