Gracias a ello, no fue liquidado con el Club Deportivo Málaga cuando esta entidad tuvo que desaparecer a finales de julio de 1992 por insolvencia económica, camiseta futbol 2024 ya que en la Real Federación Española de Fútbol poseía un número de registro independiente. Con el nuevo entrenador se decidió descartar a algunos integrantes de la plantilla y reforzarla con jugadores como Enzo Maresca, Martín Demichelis, Ignacio Camacho o Julio Baptista. En la temporada 1992/93, el C. A. Malagueño, presidido por Antonio Domínguez Martín y dirigido en el banquillo por Fernando Rosas, jugaba en Tercera división Grupo IX y mantenía la base de la plantilla de la temporada anterior. El Villarreal C. F. debutó en Segunda División en la temporada 1970-71, salvando la categoría al clasificarse en el puesto 16.º, pero descendiendo en la campaña siguiente al acabar 17.º. Durante los 25 años posteriores el equipo se mantiene siempre en categoría nacional (excepto la campaña 1976-77), consiguiendo ascender a 2.ª B en la temporada 1986-87. Tras un breve paso por Tercera en 1990-91, el equipo cosecha dos ascensos consecutivos que le permiten -20 años después- retornar a la Segunda División del fútbol español. En la temporada 1998/99, con el veterano Joaquín Peiró al frente del banquillo malaguista, el equipo afronta un campeonato plagado de buenos resultados y a falta de cuatro jornadas se logra certificar el ascenso a la élite del fútbol español en un partido contra el Albacete Balompié, consiguiendo además el título de la categoría.

En el caso de los catalanes su rivalidad era de igual manera con su vecino el Real Club Deportivo Español. Debido a las limitaciones económicas de la entidad, el entonces presidente Fernando Sanz buscó inversores en Doha (Catar) para poner en marcha un proyecto más ambicioso, entablando conversaciones con el miembro de la familia real catarí, el jeque Abdullah ben Nasser Al Thani. Al año siguiente el proyecto del Málaga CF fracasa y el equipo desciende a Segunda División como último clasificado, con sólo 24 puntos y cinco victorias en la Liga. Sin embargo, el club terminó un punto por debajo de la clasificación para la Liga de Campeones de la UEFA, perdiendo 3-2 ante el Stade Rennes, mientras que el cuarto lugar Olimpique de Marsella derrotó 4-3 al Estrasburgo para reclamar el tercer y último lugar para calificar a la Liga de Campeones. Esa temporada el equipo realizaría una excelente campaña, certificando el 13 de mayo de 2012 su clasificación a la fase previa de la Liga de Campeones de la UEFA tras terminar 4° en la Liga 2011/2012; hasta ahora la mejor clasificación del club en Primera. Tras finalizar la fase regular en la primera posición del Grupo IV, los malaguistas se enfrentaron en la fase de ascenso al Terrasa FC, Talavera CF y SD Beasáin.

El 28 de marzo de 2009, el Málaga Club de Fútbol disputó un partido benéfico en La Rosaleda ante cinco mil espectadores recaudando veinticuatro mil euros en beneficio de los daños causados por el Tornado de Málaga; el rival del Málaga CF fue un equipo formado por antiguos jugadores del club, en activo o retirados, llamado Leyendas Malaguistas y dirigido por el mítico entrenador Joaquín Peiró. Con el técnico cordobés, el Málaga consiguió 36 puntos en 20 partidos, incluyendo un 1-6 ante el Osasuna, la mayor goleada de la historia del club. Finalmente, y pese a que la campaña 1956-57 había concluido con un modesto octavo puesto, la directiva se vio obligada de nuevo a vender a la mayor parte de la plantilla, que quedó prácticamente desarbolada. Finalmente, el equipo cayó eliminado frente al Boavista portugués, en la tanda de penaltis. Tras una angustiosa temporada (2009/10), el equipo consiguió la permanencia en la última jornada de liga, el 16 de mayo de 2010, después de empatar (1-1) frente al Real Madrid en La Rosaleda.

El 2 de noviembre de 2010, Ferreira fue cesado por la entidad de Martiricos por los malos resultados cosechados que relegaban al club al farolillo rojo de la categoría. La posterior participación en la Copa de la UEFA fue notable, alcanzando los cuartos de final y eliminando a equipos con larga tradición en competiciones europeas como el Leeds United o el AEK Atenas tras vencer en sus propios estadios con resultados de un gol a dos y cero goles a uno respectivamente. El campeón fue Santiago Wanderers que jugó su tercera final consecutiva frente a la Universidad Católica y obtuvo su segundo título de copa de la mano de José Pérez. El equipo que logró el duodécimo ascenso del Málaga a la máxima categoría contaba con jugadores como el delantero hispano brasileño Catanha, que consiguió el Trofeo Pichichi de Segunda División con veintiséis dianas, o el portugués Edgar, y los centrocampistas De los Santos, Rufete, Agostinho, Movilla o Sandro, junto a jugadores canteranos como Basti o Bravo que habían participado íntegramente en la escalada del Málaga desde Tercera a Primera División. La jugada salió bien al Llodio, que logró el ascenso en la temporada 1995-96, regresando a la Tercera división, más de dos décadas después.