El equipo de Murillo de Río Leza fue fundado en 1967 iniciando su andadura dentro de las competiciones regionales de la Federación Navarra de Fútbol pasando en 1986 a la recién creada Federación Riojana de Fútbol siendo inscrito en camiseta futbol baratas la Primera Regional. Desde el año 2015 se cambió el sistema de campeonato, al pasar de 18 equipos a 20 equipos en la Categoría Primera A, por lo que ahora descendían los dos últimos de la tabla del descenso. En el Torneo Apertura 2015 solo logró ganar tres partidos. En el Torneo Apertura 2018 el Boyacá Chicó comenzó anémicamente perdiendo cada encuentro, hasta el encuentro contra Independiente Santa Fe, en el cual ganó 3-1 en La Independencia; sin embargo, las otras fechas no se dieron y, como resultado, la crisis de puntos llevó al equipo a ser el colero de la tabla general del Torneo Apertura. Chicó fueron de Miguel Caneo de penal y de Marco Pérez. Al igual que el equipo, el escudo fue creado en Bogotá, en homenaje al Museo del Chicó. El Estadio Metropolitano se sitúa adyacente a la autopista de circunvalación M-40, en la manzana que ocupan las avenidas Luis Aragonés y Arcentales y la plaza de Grecia.

En el torneo finalización 2015 debió aplazar partidos frente a Deportes Tolima y Cúcuta Deportivo por arreglos en la cancha del estadio y debió jugar dos partidos ante Independiente Santa Fe y Once Caldas en el Estadio Metropolitano de Techo de Bogotá. El equipo ajedrezado en 2012 y 2015 ha estado cerca de irse de la ciudad de Tunja. El máximo accionista del equipo Ajedrezado estuvo cerca de vender al equipo, existieron rumores sobre una supuesta persona interesada en comprar al equipo y trasladarlo a Villavicencio Meta, pero finalmente todo eso fue desmentido por el mismo accionista, aunque la venta del equipo por el momento era casi confirmada. Al término del primer tiempo los dos equipos empataron 0-0. Para la segunda parte el partido fue diferente, se tornó confuso en el centro del campo y el buen fútbol exhibido en los primeros 45 minutos brilló por su ausencia.Pero de a poco, las dos escuadras fueron tomando la iniciativa para abrir el marcador que pudo lograrse al minuto 80, cuando Adrián Vélez, árbitro central del compromiso, decretó un tiro penalti a favor de Millonarios que Mayer Candelo cobró y que fue atajado por Cristian Bonilla.

Entretanto, en 1972 se inauguró la nueva sede social del club, situada en la parte posterior de la grada central. Desde que se juega con selecciones sub-23, Nueva Caledonia obtuvo una vez la medalla dorada. Segunda División que finalmente recayó en los palmenses. Desde que el club ascendió a primera división en el año 2003, ha tenido que luchar en la tabla del descenso, logrando salvar la categoría, inclusive evitando jugar la serie de promoción. Esto sucedió a poco más de un mes del debut del club de Boyacá en la Copa Libertadores 2009. Días más tarde se conoció que era poco probable que el club jugará en Tunja sus partidos de la primera fase del máximo torneo de clubes en Sudamérica. El 6 de marzo de 2009 el Estadio de la Independencia de la ciudad de Tunja recibió el aval positivo de la CONMEBOL para que Boyacá Chicó jugara sus partidos como local de la fase de grupos de la Copa Libertadores 2009 gracias a la ampliación de la capacidad del estadio a 20.630 espectadores con tribunas metálicas.

En el año 2016 descendieron Fortaleza y Boyacá Chicó. Cañuelas inauguró su primer estadio en 1931 y lo utilizó en torneos AFA desde el momento en el que se afilió a la institución, en el año 1975. El mismo estaba ubicado en la intersección de las calles Larrea y Del Carmen y era conocido coloquialmente como El Cajón, ya que el terreno era un antiguo cementerio. A, tras el descenso de su rival de patio Patriotas Boyacá a la Primera B para el próximo 2023, tras durar un año y tres meses en la segunda categoría. El 5 de noviembre de 2016, Boyacá Chicó descendió a la Primera B tras una derrota por 3-2 contra Independiente Medellín en la fecha 19 de la Liga Águila. Boyacá Chicó ganó su primer partido contra Aurora con una goleada tres por cero en condición de visitante, con dos goles de Anthony Tapia y uno de Juan Mahecha. Más partidos disputados: Juan Alejandro «Ruanitas» Mahecha. El equipo debido a eventos culturales ha tenido que jugar partidos de Copa Colombia en otros estadios del departamento de Boyacá como el Olímpico el Sol de Sogamoso, Primero de Septiembre de Chiquinquirá y Cacique de Tundama de Duitama.