La prima partita della sezione calcio fu disputata contro degli studenti inglesi, e fu vinta dal CURCC per 2-0. I primi capitani della squadra erano tutti inglesi e solo nel 1895 fu eletto il primo capitano della squadra di nazionalità uruguayana, Julio Negrón. L’attuale capitano biancoceleste è il centrocampista italiano Mattia Zaccagni. In FA Cup l’Everton subì quello che in Inghilterra definiscono «giant-killing», termine che definisce la vittoria di una squadra di più bassa classifica su una di posizione più alta, contro lo Shrewsbury Town, allenato dall’ex capitano dei Toffees Kevin Ratcliffe. Il capitano e difensore Dave Watson, venne incaricato a guidare il team fino al termine della stagione; l’Everton riuscì a salvarsi, ma il giocatore non volle continuare in quel nuovo ruolo. La vittoria per 1-0 sul Sunderland nell’anno nuovo fece partire una serie di cinque vittorie su sei risultati utili consecutivi, inclusa la vittoria contro l’Arsenal, che riuscirono a portare l’Everton fuori dalla lotta per la salvezza e a far terminare la stagione all’undicesimo posto. L’inizio della stagione 1993/94 prometteva bene dopo la vittoria nelle prime tre partite d’apertura, un ritmo che venne presto interrotto da un forte calo di forma. L’Everton nella stagione 1994/95 ebbe un inizio disastroso: ultimi dopo 14 giornate, con solo una partita vinta.
Il primo campionato disputato dalla Sarom sotto la guida tecnica di Domenico Bosi terminò con la vittoria del girone A di Promozione, con Marconi bomber con 17 centri realizzati e senza neanche perdere una partita. Sotto di due goal, l’Everton grazie alla pantomima di Hans Segers, portiere del Wimbledon, recuperò e vinse per 3-2, condannando alla retrocessione Sheffield United e Oldham Athletic insieme alla già retrocessa Swindon Town. Ma il più grande successo arrivò il 20 maggio 1995, quando il goal di Paul Rideout diede la vittoria all’Everton sul Manchester United in finale di FA Cup. Grazie alla vittoria in FA Cup della stagione precedente, l’Everton si qualificò per la Coppa UEFA dove però il percorso fu breve. Nella sua carriera ha conseguito un treble con il Barcellona nella stagione 2008-2009, composto da campionato spagnolo, Coppa del Re e UEFA Champions League; ha inoltre vinto 6 campionati italiani (tra il 2012 e il 2019), 2 Coppe Italia (2015 e 2016) e 3 Supercoppe di Lega (2012, 2013 e 2015) con la Juventus, e una Major League Soccer (2024) con i LA Galaxy. Dopo un paio di campionati conclusi a metà classifica nella stagione 1992-1993 la retrocessione è evitata grazie al fatto che Siena e Carpi hanno fatto meno punti, occupando le ultime due posizioni in classifica, e alla radiazione dell’Arezzo.
Kendall si trasferì dall’Everton a dicembre mentre i Toffees occupavano i posti di metà classifica. Tuttavia l’anno dopo l’ucraino abbandonò a metà strada i Toffees per approdare alla Fiorentina. Tuttavia seguì un’altra serie di sconfitte tra cui si ricorda il 4-0 nel derby. Sebbene l’ex allenatore dei Rangers nell’estate 1998 siglò importanti trasferimenti che ben facevano sperare, la sua prima stagione fu un’altra lotta per non retrocedere. Tolte le questioni legali, il compito del nuovo allenatore era quello di risollevare la stagione ritrovando uno stato di forma che aveva reso l’Everton campione appena sette anni prima. Il produttore teatrale Bill Kenwright, presidente dei Toffees, individuò in Philip Carter il nuovo chairman. È un vero figlio della lupa, uno dei frutti della guerra. Il primo campionato di Serie A si concluse con una storica salvezza, conquistata all’ultima giornata sconfiggendo per 6-2 la Juventus a Torino nel giorno di Pasqua del 1943. Dopo l’8 settembre partecipò al girone Veneto del campionato di Guerra del 1944, rinunciando però alle finali nazionali. Il campionato non andò tanto meglio, finendo sesti scalzati all’ultima giornata dall’Arsenal che quindi trovò un piazzamento per le competizioni europee. In un’intervista a GQ Mexico, Gimenez ha raccontato: “La conoscevo già da Instagram, ma vedendo che anche lei giocava alla playstation ne ho approfittato per conoscerla meglio online grazie a un invito di una mia amica.
L’Everton si salvò matematicamente alla penultima giornata di Premier League battendo per 1-0 la già retrocessa Ipswich Town. Nella prima stagione completa di Moyes, quella 2002/03, i Toffees finirono settimi in Premier League, mancando la qualificazione alla Coppa UEFA per una sola posizione, in un campionato che vide l’emergere della brillante giovane promessa per l’attacco Wayne Rooney, che segnando il goal partita contro i campioni in carica dell’Arsenal divenne il più giovane marcatore inglese del campionato nonché il più giovane marcatore di sempre dell’Everton. Dopo l’esonero di Walter Smith, a salvare l’Everton dalla retrocessione nelle ultime partite di campionato venne nominato David Moyes, giovane allenatore promettente del Preston. La stagione 2005/06 si aprì male con l’eliminazione fulminea dalla Champions League per mano degli spagnoli del Villarreal, che spedirono l’Everton al primo turno di Coppa UEFA dove vennero nuovamente eliminati dalla Dinamo Bucarest con un secco 5-1 in Romania. Nella stagione 1999/2000 i Toffees andarono spesso vicino ad un posto in campionato per la qualificazione alla Coppa UEFA, ma nei mesi finali vennero raccolte solo due vittorie su dodici partite totali che portarono l’Everton a terminare in un deludente tredicesimo posto.