A pesar de estar considerado un excelente taponador, nunca lideró las estadísticas de la NBA en este apartado, ocurriendo lo mismo con los rebotes. Este se convertía en el cuarto campeonato de O’Neal y en sus sextas Finales. Dwyane Wade se proclamó MVP de las Finales. En la temporada 1999-00 se unió a Willis Reed (1969-70) y a Michael Jordan (1995-96 y 1997-98) en la lista de únicos ganadores en la misma temporada del MVP de la NBA, MVP de las Finales de la NBA y MVP del All-Star Game. O’Neal promedió 22.9 puntos y 10.2 rebotes por partido, siendo elegido por 12.º año consecutivo para jugar el All-Star Game; formó también parte del mejor quinteto de la liga. El 16 de febrero del 2009 se convirtió en MVP del All-Star Game en Phoenix junto a Kobe Bryant donde firmó 17 puntos, 5 rebotes y 3 asistencias. Es el único jugador en la historia de la NBA en acabar en primera o segunda posición en la votación por el MVP de la temporada en tres temporadas diferentes con tres distintos equipos (Orlando Magic, Los Angeles Lakers y Miami Heat). Steve Nash, base de Phoenix Suns, ganó a O’Neal en la votación de uno de los MVP de la Temporada más igualados en la historia de la NBA.
Sin embargo, en 28 partidos de temporada regular con los Suns, O’Neal promedió 12,9 puntos y 10,6 rebotes por encuentro. La peor temporada fue la de 1972-73. Comenzaron perdiendo los primeros 15 partidos de la temporada, y unos pocos meses después fijaron lo que fue en esa época un récord de 20 derrotas seguidas en una sola temporada. Durante esta temporada, O’Neal llegó hasta los 25 000 puntos, convirtiéndose en el decimocuarto jugador en la historia en conseguirlo. Durante la temporada, los Heat lograron un 50 % de victorias sin O’Neal en pista. Con O’Neal a bordo, los Heat lograron el mejor récord de la Conferencia Este con 59 victorias y 23 derrotas. Era la primera en la carrera de O’Neal que no accedía a unas Semifinales de Conferencia. El 11 de abril de 2006 logró el segundo triple-doble en su carrera, con 15 puntos, 11 rebotes y 10 asistencias (récord en su carrera) ante Toronto Raptors. En el segundo partido de la temporada 2005-06, Camisetas Denver Nuggets el pívot se lesionó el tobillo derecho y se tuvo que perder los 18 siguientes partidos.
Tras la temporada en Cleveland Cavaliers y la marcha de LeBron James a Miami Heat, Shaquille firmó un contrato de 2 años (el segundo opcional) por el mínimo de veterano, con los Boston Celtics. Regresó a la titularidad a tiempo para los playoffs, donde los Cavaliers derrotaron rápidamente a los Chicago Bulls en la primera ronda pero fueron eliminados por los Boston Celtics en las semifinales de la Conferencia Este. Tras semanas de incertidumbre, el 22 de enero es traspasado a Chicago Bulls. Tras operarse del pulgar el 1 de marzo, regresó a las canchas el 17 de abril, en la primera ronda de playoffs contra Chicago Bulls. Fue presentado con el dorsal número 36, que lució la temporada 2010/2011. El 1 de junio de 2011 anunció su retirada de las canchas tras las múltiples lesiones a lo largo de la temporada. Tras la retirada de Lindsey Hunter el 5 de marzo, O’Neal se convirtió en el jugador de mayor edad en activo. Haliburton es el raro jugador que puede ejecutar eficientemente una ofensiva de la NBA sin dominar el balón. O’Neal finalizó la liga como líder en porcentaje de tiros de campo, convirtiéndose junto a Wilt Chamberlain en el único jugador capaz de liderarla en nueve ocasiones.
El 28 de enero de 2022, viaja de Estados Unidos a Europa para firmar con el Unicaja Málaga de la Liga Endesa. Los Packers, Red Skins y Hawks abandonaron la NBA por la National Professional Basketball League, y son los únicos equipos que han desaparecido en otra liga que no sea la NBA. Webster intentó introducir algunas grafías reformadas, al igual que el Simplified Spelling Board a principios del siglo XX, pero la mayoría no fueron adoptadas. En Cleveland, el pívot desempeñó un rol mucho menos significativo que en años anteriores, con una presencia menor en el poste y el promedio de registros más bajos de su carrera en la mayoría de estadísticas. Su único triple de toda su carrera lo consiguió el 19 de febrero de 1996 ante Milwaukee Bucks. A lo largo de su carrera falló 5317 tiros libres, la segunda peor marca de toda la NBA solo superado por Wilt Chamberlain (5805). Ningún otro jugador ha estado cerca de ambos: el tercero en la clasificación es Karl Malone con 3401 errores. En 2008 se declaró elegible para el Draft y dio el salto a la NBA. El 6 de febrero de 2008 fue traspasado a Phoenix Suns por Shawn Marion y Marcus Banks.