A cambio conseguía un contrato que al cabo de un año le convertiría en agente libre restringido lo que quería decir que tendría total libertad para negociar un aumento sustancial de su ficha con cualquier equipo NBA aunque Memphis siempre podría ir al “derecho de tanteo” y quedarse con el jugador si igualaba la mejor oferta que tuviera el mismo. Su primer éxito internacional llegó en categoría juvenil en 1998, al proclamarse campeones continentales en Varna, aunque sin duda su explosión mediática se dio al año siguiente, en 1999, al lograr proclamarse campeones mundiales sub-19, tras vencer en la final a Estados Unidos 94-87, ante más de 16.000 espectadores presentes en el Pavilhão Atlântico de Lisboa. El 14 de noviembre de 1999, participó en el «All Stars» de Manresa, que enfrentó al combinado nacional con una selección de los mejores extranjeros que participaban en la liga ACB. El 16 de noviembre de 2007 consiguió anotar 8 de 9 triples en un encuentro ante New Orleans Hornets, camisetas brooklyn nets igualando el récord de la NBA de más triples anotados por un rookie en un partido.
Juan Carlos Navarro se convirtió en el tercer jugador español en participar en un All-Star Game de la NBA tras los antecedentes de Pau Gasol (2002) y Jorge Garbajosa (2007) al formar parte del equipo de los rookies en el evento que se disputó en Nueva Orleans en febrero de 2008 en un encuentro en el que tuvo una actuación muy destacada con 14 puntos, 4 rebotes y 4 asistencias. «Paco» Gento (arriba), fue uno de los líderes deportivos del club junto a Amancio Amaro (abajo) del «Madrid Yé-yé». Antes del inicio de la temporada 2009-10, cuando el jugador se encontraba con la selección disputando el Eurobasket de Polonia se produjo la noticia de que los Memphis Grizzlies renunciaban a los derechos que poseían sobre el español, por lo que el jugador era libre, caso de que se produjera su hipotético regreso a la NBA, a negociar libremente con el club que el considerara oportuno sin que los Grizzlies pudieran ejercer el derecho de tanteo. El 5 de agosto de 2021, firma con Club San Martín de Corrientes de la Liga Nacional de Básquet. El 17 de agosto de 2018, FC Barcelona anunció la retirada de Navarro, el jugador más importante de la historia azulgrana, con 35 títulos y 20 temporadas (1997-2007 y desde 2008 hasta 2018), en las que logró, entre otros títulos, dos Euroligas, ocho Ligas, siete Copas, una Korac y cinco Supercopas.
Mediado el mes de marzo Navarro anotó en un partido ante el Vivemenorca su triple número 628 en ACB, lo que le valió para superar a Juan Antonio San Epifanio al frente de la clasificación de máximo número de canastas de tres convertidas en la historia del FC Barcelona. En su debut oficial en la NBA, en el partido que enfrentó a los Grizzlies contra San Antonio Spurs el 31 de octubre de 2007 anotó 9 puntos en 17 minutos. Los Pibes de la Estación jugaban a la pelota en el baldío que se formaba por las vías del ferrocarril, la Avenida Luro, Patagones (actualmente calle San Juan) y Olazábal, eran los siguientes: Eugenio Moure, Raúl Brochónm, Luis Duhalde, Eugenio Duhalde, Sebastián Duhalde, Felipe Rodríguez, José Martínez, Juan Morgan, Diego Morgan, Juan Ponce, Antonio Trevin, Manuel Trevin, Santiago Mayayo, Abel Lizaso, Ismael Lizaso, Bernardo Villar y Carlos Villar. Su primer encuentro con la camiseta de los Grizzlies fue en el NBA Europe Tour ante Unicaja en Málaga, anotando 21 puntos y convirtiéndose en el máximo anotador del partido. Tras ganar de forma contundente al Gran Canaria 2014 (2-0) y al Unicaja Málaga (3-0), llegó a la esperada final contra el Caja Laboral Baskonia.
En la final esperaba el Olympiacos BC, partido donde Navarro confirmó su papel de líder consiguiendo 21 puntos, 5 rebotes y 3 asistencias, que ayudaron a la exhibición del Barça a ganar por 86-68, consiguiendo la 2.ª Euroliga de la historia. Además de Mikan, únicamente otros dos jugadores superaron los 20 puntos por partido, el jugador de los Warriors Joe Fulks, que fue uno de los precursores del lanzamiento en suspensión, camisa new york y el jugador de Chicago Max Zaslofsky. Jordan se retiró dos veces de los Chicago Bulls y luego volvió a jugar para los Washington Wizards antes de retirarse por tercera y última vez. Juan Carlos Navarro ha sido un fijo en todas las convocatorias nacionales desde que fue convocado por primera vez para la categoría cadete y en todas ha sido un jugador destacado. En el 2005, en el Eurobasket celebrado en Belgrado, fue la primera y hasta la fecha única vez que Navarro se quedó sin conseguir una medalla en sus participaciones en este torneo. Será interesante ver si los Sixers intentan cambiarlo en algún momento antes de la fecha límite de cambios de febrero. Campeonato Mundial 2006: finalizó 1° 01 !