Los albicelestes debieron enfrentar en la primera llave a dos partidos (semifinal) al Defensor Sporting Club, llegando con desventaja deportiva por la mejor ubicación de los de Punta Carretas en la tabla (misma cantidad de puntos pero saldo de goles a favor de los violetas); el resultado global fue de 2:2 (Defensor ganó el primer partido 1:2 y Cerro ganó el segundo 0:1), pero por la mencionada ventaja deportiva fue Defensor quien avanzó a la fase final, camiseta futbol 2024 teniendo Cerro que volver a jugar una nueva temporada en la segunda división. Y a partir de entonces comenzaría una racha positiva; sin sobrarle nada, ganando varios partidos sobre el final, cosechó nueve triunfos, tres empates y dos derrotas. Para la temporada 2012/13, el Burgos Club de Fútbol decidió no inscribir al equipo para que hubiera competido una temporada más en la Segunda División B. Problemas deportivos por la ausencia de varios jugadores importantes que ya habían comunicado que no iban a continuar y sobre todo problemas económicos ante la bajada de subvención por parte del patrocinador y del ayuntamiento, hicieron que la sección desapareciese. Tras culminar en tercera posición en la Tabla Anual de la temporada 2008-09, Cerro disputó el torneo que enfrentaba a los seis mejores equipos de dicha clasificación.
Ya en la fase eliminatoria de los play-offs, tuvo que enfrentarse en primera instancia a Miramar Misiones (quinto en la tabla de posiciones); logró clasificarse a la final, jugando un rol decisivo la ventaja deportiva por la mejor posición en la tabla; el resultado global fue de 3:3 (0:2 a favor de Cerro en la ida, triunfo de Miramar 1:3 en la vuelta). El ingeniero Raúl Alquier, presidente del Club Atlético Cerro en aquel entonces, tuvo un rol preponderante en la pelea de los clubes de la Liga Amateur frente a los privilegios de la Primera Profesional en la Asociación Uruguaya de Fútbol. Los equipos de la Primera Profesional se mantenían en ella por más mala que fuera su actuación; estas instituciones que gozaban del privilegio de no descender eran: Peñarol, Nacional, C.A. Defensor, Rampla, River Plate, Wanderers, Central F.C., Sud América, Bella Vista y Racing. Su primera participación internacional fue en la Copa Libertadores 1995, habiendo logrado acceder a dicho torneo tras ganarle (por penales) a Defensor Sporting un desempate por el subcampeonato de la Liguilla de 1994. Dirigidos por Gerardo Pelusso, después de haber empatado 3:3 en el Estadio Centenario al disputar la primera fecha del Grupo 1 contra Peñarol (con dos goles del argentino Henry Homann y otro de Rubén «Pocho» Acosta), los albicelestes recibieron en la Villa del Cerro a los equipos argentinos de River Plate e Independiente de Avellaneda.
Aquella calurosa tarde de diciembre en un Estadio Centenario lleno, apenas comenzada la final, Néstor Gonçalves -número 5 de Peñarol- fue a cometerle una alevosa falta a Miguel de Brito, número 10 y estrella del club de la Villa, causándole luxación de clavícula y dejándolo fuera del partido, aunque en cancha (en aquel entonces los jugadores no podían ser sustituidos). La temporada siguiente los cerrenses no la tuvieron más fácil; después de una primera parte del año muy mala, habiendo pasado dos entrenadores, Miguel Falero se hizo cargo del equipo. Ese memorable plantel formaba: Pedro González Acuña, Julio Dalmao y Rubén Soria; Waldemar González, Ángel Rodríguez y Ángel Carretti; Rubén Coccinello, Jorge López, Nelson García, Miguel de Brito y Juan Pintos. El gol albiceleste lo hizo Waldemar González, luego de que el árbitro pitara una falta penal -sobre Juan Pintos- pocos minutos después del segundo tanto de los carboneros (Alberto Spencer 27′ y Júpiter Crescio 52′). Luego del mismo, los cerrenses fueron con el envión del descuento a por el empate, camiseta entrenamiento liverpool pero sobre el tramo final del encuentro llegaría un nuevo gol de Crescio que sellaría el resultado definitivo. Y el 15 de mayo de 2013 ganó la UEFA Europa League también con gol suyo (59′) con una curiosa celebración tal y como hacía «Kiko» Narváez y se convirtió en el único jugador junto a Juan Mata en ganar Mundial, Eurocopa, FA Cup, UEFA Champions League y UEFA Europa League.
En el caso de Diego Segovia, el jugador posee la doble ciudadanía uruguaya-argentina, por lo cual no ocupa cupo de extranjero. Algunos de los jugadores más reconocibles que han pasado por el filial del Almería son: Aleix Vidal, Jonathan Zongo, Munir, Diego García Bravo, Ramón Azeez, Hicham Khaloua, Raúl García, Édgar Méndez, Joaquín Fernández, Antonio Puertas y Pervis Estupiñán entre otros, muchos de ellos llegando a jugar en Primera División e incluso en el mundial. ↑ «Racing derrotó a La Luz y se proclamó campeón del Torneo Competencia de la B». ↑ «Liverpool fue una tormenta de goles». ↑ «England 2-0 Trinidad and Tobago». Tan evidente era, que en 1942 se llevaría a cabo un cambio definitivo en las disposiciones reglamentarias gracias a la denodada lucha por parte de los dirigentes de la entonces llamada División Intermedia (poco antes «Primera Amateur») durante 10 años. Este le imprimió un buen nivel de fútbol al equipo, caracterizándose por su posesión de pelota en la mitad de la cancha, y en la parte ofensiva por la labor goleadora de Maureen Franco, que se supo ganar al cariño de la hinchada, al punto de convertirse en uno de los máximos goleadores del club.