En 1940 cambió su nombre Baleares Foot-Ball Club por Club de Fútbol Baleares, camiseta futbol obligado por las directrices del régimen franquista que obligaban a castellanizar toda la terminología deportiva. Durante sus primeros años, el centro de entrenamiento de las categorías inferiores del club se situaba en el Estadio El Llano, para posteriormente trasladarse a los Campos de Sports de Ñuñoa. De los cinco años, dos quedó fuera de los puestos de ascenso directo y promoción (1994 y 1995) y otros dos jugó promociones sin suerte contra equipos de Primera División de entonces (como el Albacete Balompié en 1993 y Rayo Vallecano en 1996). En esos años brillaron jugadoras como Juan Sánchez Moreno, Toni Prats o los balcánicos Bogdanovic, Vlada Stošić y Goran Milojevic. El éxito de la primera temporada dio continuidad a la competición y en la temporada 1934-35 se amplió por primera vez el número de equipos a doce. La temporada 2009-2010 empezó con la compra de Mateu Alemany del paquete accionarial de Vicente Grande, para posteriormente vendérselo a la familia Martí Mingarro. En concreto, la alineación del ascenso fue la siguiente: Kike, Olaizola, Marcelino, Barbero, David, José Manuel, Paco Soler, Lluís Carreras, Galca, Stankovic y Carlos. Este séptimo y último ascenso a 1.ª División se consiguió siendo Presidente Bartolomé Beltrán.

En este caso, se dio la particularidad de que su inmediato perseguidor no fue Nacional sino Cerro, con quien igualó en 28 puntos. Debido al mal inicio de temporada este fue destituido en la jornada n.º 6 tras perder con el Albacete Balompié por 2-1 en el Carlos Belmonte, y tras una nueva interinidad de Tomeu Llompart, su sustituto fue Luis Aragonés. El inicio de temporada fue malo y en la jornada n.º 8 fue destituido con el equipo situado en la 19.ª posición. En la Liga, el Mallorca quedó en novena posición. El 11 de septiembre de 2001 el Real Mallorca hace historia y disputa su primer partido de Liga de Campeones de la UEFA en el estadio de Son Moix (actualmente Iberostar Estadio) donde venció 1-0 al Arsenal Football Club con gol de Vicente Engonga de penalti. Esta victoria supuso la clasificación sevillista para la Liga de Campeones, acabando el Mallorca en quinta posición, que daba acceso a la Europa League. El Mallorca perdió 2-0 en Barcelona y empató en el ONO Estadi. En dicha jornada los mallorquinistas vencieron por 2-0 al Espanyol, pero el Sevilla venció por 2-3 al Almería con gol en el último minuto del sevillista Rodri.

↑ «Nacional está lejos del estilo de Juan Ramón». Tras la marcha de Juan Arango, Miguel Ángel Moyà, Cléber Santana, David Navarro, Lionel Scaloni y José Manuel Jurado, durante las dos últimas semanas del mercado fueron llegando los fichajes de Rubén González, Bruno China, Felipe Mattioni, Julio Álvarez, Paulo Pezzolano y Borja Valero. Conservación del balón. Acción de mantener el control del balón con el fin de conseguir el objetivo que se pretende, ya sea meter gol o mantener la posesión. El Subcampeonato de Copa del Rey le dio opción a jugar la Recopa de Europa en la siguiente temporada, torneo en el que llegó a la final, que perdió frente al Lazio por 2-1, consiguiendo así el Subcampeonato en la última edición de esta Copa. Debido al aumento y la proliferación de canales infantiles en abierto con contenido las 24 horas del día, la cadena optó por suprimirla, aunque fue recuperado tras la pandemia en la franja vespertina de los sábados y domingos. Esa misma temporada, y tras una gran remontada en la segunda vuelta, quedó 7.º, a las puertas de la clasificación para la Copa de la UEFA, con Dani Güiza como pichichi nacional con 27 tantos, galardonado además con la Bota de Plata del fútbol europeo y también consiguió ganar en estadios como el Camp Nou, Santiago Bernabéu, Mestalla, San Mamés o Sánchez Pijuán.

Durante la primera temporada del nuevo milenio, la 2000-01, el equipo estuvo comandado por mítico entrenador español Luis Aragonés, con el cual el equipo consigue la tercera posición dentro de la Primera División Española, con el récord de 71 puntos, por lo que consigue clasificarse para la temporada 2001-2002 de la Champions League. Ambos fueron fichados por equipos de Primera (Espanyol, Betis y Celta respectivamente). El Mallorca ganó al Numancia, Espanyol, Athletic y Deportivo y empató con el Valencia, Osasuna y Betis en la última jornada consiguiendo la permanencia, logrando superar al Levante que tenía 12 puntos más que los mallorquinistas y que solo sumó 3 puntos de los últimos 30 posibles al final de temporada. También esta temporada jugó la Copa de la UEFA llegando hasta los octavos de final donde fue eliminado por el Newcastle United. En la temporada 2006-2007, Gregorio Manzano se ganó la continuidad en el banquillo y tras dos años coqueteando de manera peligrosa con el descenso, prometió que esta temporada no pasarían muchos apuros, objetivo que cumplió gracias a la buena planificación en pretemporada y a que el equipo consiguió la permanencia a falta de seis jornadas. Pero en la jornada nº23 presentó su dimisión, ya que el equipo llevaba nueve jornadas sin ganar, y en su lugar llegó el artífice de la Copa Gregorio Manzano.

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