Luego, no pudo clasificarse para la Copa Mundial de Fútbol de 1994, pero lograron tomarse revancha de Argentina al ganar la Copa Confederaciones 1995, superando a los vigentes campeones de la última Copa América 1993, y se llevaron la victoria con un 2-0. Como defensor del título en la Eurocopa 1996, Dinamarca no pudo continuar con su éxito anterior, pero decepcionados con la actuación que tuvieron, camisetas de fútbol baratas provocó una eliminación temprana en la fase de grupos. El Estadio Mundialista de Seúl, sede del partido. Los reiterados impagos en las nóminas propician el encierro de los jugadores en los vestuarios de La Rosaleda y una sentada de protesta previa al partido frente a la S.D. En semifinales se midió frente a Holanda donde consiguió remontar el marcador y ganar 4-2. México hacia historia al pasar a la final de Toulón, cosa que nunca había hecho. Es uno de los mediocampistas más goleadores de la historia del fútbol, fue tres veces máximo goleador de la Liga italiana, es el segundo máximo anotador de la historia de la selección francesa, sólo superado por Thierry Henry, y es considerado por IFFHS como el mejor futbolista francés del siglo XX. La temporada 2000/01 consolidó la práctica totalidad de la plantilla del año anterior salvo por la marcha de Catanha al Celta de Vigo por un elevado montante económico.

Gracias en parte a los dieciséis goles del panameño y los trece del uruguayo, los registros de esta temporada fueron aún mejores que en la anterior y el club peleó por entrar en los puestos de acceso a las competiciones europeas, camisetas futbol finalizando en una digna octava posición. Después de dos temporadas en Segunda División B, en la temporada 1997/98 el Málaga CF pasa a manos del empresario Antonio Asensio Pizarro, propietario del Grupo Zeta, que traza un ambicioso plan de ascenso a Primera División en dos años y le confía la presidencia del club al que hasta entonces era vicepresidente, Fernando Puche. En la temporada 2001/02, el equipo experimenta una serie de variaciones en el organigrama tras el fallecimiento de su propietario Antonio Asensio, siendo el directivo del Grupo Zeta Serafín Roldán el presidente que reemplaza al saliente Fernando Puche. La cantera del Real Unión fue durante décadas un vivero de notables jugadores, muchos de los cuales recalaron más tarde en importantes clubes de Primera y Segunda División. Tras finalizar la fase regular en la primera posición del Grupo IV, los malaguistas se enfrentaron en la fase de ascenso al Terrasa FC, Talavera CF y SD Beasáin.

En la temporada 1998/99, con el veterano Joaquín Peiró al frente del banquillo malaguista, el equipo afronta un campeonato plagado de buenos resultados y a falta de cuatro jornadas se logra certificar el ascenso a la élite del fútbol español en un partido contra el Albacete Balompié, consiguiendo además el título de la categoría. Joaquín Peiró seguiría en el banquillo, pero la nueva directiva, a pesar de las muestras de descontento de la afición, daría salida a jugadores básicos en la plantilla como Rufete, De los Santos, Movilla o Agostinho, siendo sustituidos por otros nuevos jugadores como Duda, Gerardo, Marcelo Romero, Litos o Miguel Ángel. Con el malagueño en el banquillo, el equipo logra mantener una dinámica algo más regular que la de su antecesor, conservando la categoría en la decimosexta posición de la tabla clasificatoria. El rival de Primera división en la promoción es el Cádiz C. F., que había finalizado la temporada en decimoctava posición. La retirada del fútbol en activo de Juanito en junio de 1989 sirvió como precedente destacado a una temporada 1989/90 en la que el club terminó en decimoséptima posición y se vio abocado a jugar una promoción de permanencia. El traspaso de Pedro Jaro al Real Madrid se compensó con la vuelta de Fernando Peralta desde el Sevilla F. C., fichaje que supuso un litigio por el impago del mismo que se unía a los problemas de la entidad con Hacienda.

En la temporada 1992/93, el C. A. Malagueño, presidido por Antonio Domínguez Martín y dirigido en el banquillo por Fernando Rosas, jugaba en Tercera división Grupo IX y mantenía la base de la plantilla de la temporada anterior. Fernando de Paul posee la doble nacionalidad argentina y chilena. En él se disputaron tres partidos del Campeonato Mundial de Fútbol España 1982, dos de ellos de la fase previa en la que actuaba la Selección de Argentina como local, y el partido por el tercer y cuarto puesto disputado por Francia y Polonia, resultando ganador el equipo polaco. Tras el fracaso de la temporada anterior, el presidente José Toboso decide hacer cambios en el club para poder hacer frente a la delicada situación económica e impide que José Pardo regrese a la presidencia a pesar del carácter provisional de su marcha. Regresó el 6 de octubre del mismo año frente a Ecuador en la dura derrota chileno por 3-0 en la altura de Quito (no tuvo complicidad en los goles). Finalmente, el equipo cayó eliminado frente al Boavista portugués, en la tanda de penaltis. ↑ «El Zamora ya es el equipo con mejor coeficiente de Europa». ↑ El País (19 de agosto de 2008). «Un estudio de Canal 12 se llamará Cacho de la Cruz».